1.全市三级法院对环境资源案件实行审判机构、团队、人员相对集中的民事、行政、刑事“三合一”审判机制：
崇明、金山、青浦三家基层法院，对各自辖区内的一审环境资源案件进行“三合一”审理；上海铁路运输法院，对除崇明、金山、青浦三区外本市其他应由基层法院审理的一审环境资源案件进行“三合一”审理。
市三中院负责对应由本市中级法院管辖的环境资源一审案件以及上述四家基层法院环境资源一审案件的上诉案件进行“三合一”审理。
市高院对市三中院环境资源一审案件的上诉案件及最高法院指定市高院审理的重大环境资源案件进行“三合一”审理。
2.上海海事法院按照最高法院规定的管辖范围，负责对海洋及通海可航水域的环境资源保护民事、行政诉讼一审案件进行专门管辖。上海海警机关办理的涉及海洋、通海可航水域的破坏环境资源一审刑事案件，根据级别管辖的规定，由上海铁路运输法院和市三中院审理。
3.本市环境资源非诉行政执行审查案件仍由各区法院及海事法院进行审理。